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############################# diamond ##################################
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## 软件安装地址，版本 diamond v0.9.25.126
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz

## 创建 diamond 比对的数据库 （这里已经完成，已打包发送，可以省略此步骤）
diamond makedb --in RdRp20230126.fasta -d RdRp20230126

## 比对 （只有此步骤纳入性能比较）
diamond blastp -q input.fa -d RdRp20230126.dmnd -o input.fa.out -e 1E-3 -k 1 -p 96 -f 6 qseqid sseqid qlen length pident evalue

-q  输入文件
-d  比对的数据库
-o  指定输出文件
-e  evalue设定
-k  设置每条序列比对上数据库的输出序列数量
-p  设置线程数
-f  指定文件的输出格式，后面qseqid sseqid qlen length pident evalue 是输出文件每一列的表头



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############################# hmmscan ##################################
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## 软件安装地址，版本 HMMER 3.3.2 (Nov 2020)
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

## 创建 hmmscan 比对的数据库 （这里已经完成，已打包发送，可以省略此步骤）
hmmbuild all_known_RdRP.hmm all_known_RdRP_aln.fas

## 比对 （只有此步骤纳入性能比较）

hmmscan -E 10 --domE 10 --cpu 2 --noali --acc --notextw --domtblout output.hmmscan all_known_RdRP.hmm input.fa

-E          设置evalue
--domE      设置domain的evalue
--cpu       设置线程数 （这里要特别注意hmmscan的线程数量虽然可以设得更大，但是没有用，软件最多只能跑满2线程）
--noali     don't output alignments, so output is smaller
--acc       prefer accessions over names in output
--notextw   unlimit ASCII text output line width
-domtblout  设置输出文件格式
这些参数设置完后，后面依次跟输出文件名，比对得hmm数据库，输入文件，此顺序不能换，否则会报错！！！



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############################# palmscan #################################
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## 软件安装地址，版本 palmscan v1.0.i86linux64 （这里已经打包发送，可以修改权限后直接使用）
https://github.com/rcedgar/palmscan

## 软件自带数据库，无需创建数据库，直接比对 （只有此步骤纳入性能比较）
palmscan -search_pp input.fa -rdrp -ppout output.fa -threads 96

-search_pp  输入文件
-rdrp       指定搜索rdrp，该工具还可以指定搜索RT
-ppout      指定输出文件
-threads    设置线程数